La primera llegada de Ninja Gaiden 3 a consolas no fue todo lo exitosa que esperábamos, y contaba con varios errores que empeoraban el resultado final. Pero Team Ninja ha querido enmendar sus errores, y ha lanzado una versión revisada para Wii U, con una dificultad aumentada, una jugabilidad más pulida y jugosos extras, como nuevos personajes jugables (Ayane, Momiji y Kasumi), armas adicionales, los nuevos ninjas, un nuevo menú de habilidades, los desafíos y el modo online cooperativo.