Hydrophobia Prophecy es la versión definitiva de Hydrophobia, tras las críticas del original, que nos lleva a una ciudad flotante controlada por terroristas que tendremos que liberar. Tendremos que usar armas e ítems futuristas para luchar y abrirnos paso por los entornos dinámicos del juego. También tendremos que descubrir los secretos del malvado plan de los enemigos y del poder que encierran las torres de la NanoCell.