El Caballero Oscuro también llega a las portátiles 3DS, con un título complementario a su casi homónimo de sobremesa. Se trata de un juego en realizado en tres dimensiones, pero de desarrollo lateral, y con una estructura jugable al estilo Metroidvania, por lo que nos ofrecerá muchas dosis de exploración y acción. Su historia se ambientará tras los hechos de Batman: Arkham Origins, sirviendo de epílogo a la versión de sobremesa.