El capítulo final de la historia de Ryza sigue a la alquimista favorita de los fanáticos, Reisalin Stout, y sus traviesos amigos en su tercera aventura de verano, ambientada un año después de los eventos de Atelier Ryza 2: Lost Legends & the Secret Fairy de 2021. La última escapada de verano encuentra a Ryza y sus amigos disfrutando de sus vidas pacíficas en la isla Kurken cuando escuchan noticias de que un misterioso grupo de islas ha aparecido en aguas cercanas. Resulta que estas islas, conocidas como Islas Kark, están teniendo un efecto negativo en su tierra natal, por lo que Ryza y sus amigos rápidamente se dispusieron a investigar. Pero cuando su investigación conduce a una enorme puerta en lo profundo de unas extrañas ruinas, Ryza escucha una voz inquietante en su cabeza que quiere llevarla al 'Código del Universo'. ¿Quién le habla y qué hay más allá de la puerta?